Hanzo był członkiem rodziny Hattori, przywódców społeczności ninja w prowincji Iga. W historii było czterech ninja noszących to samo imię i nazwisko. Ninja, który rozsławił to nazwisko nosił imię Masanari. Rozpoczął swój trening na górze Kurama na północ od Kioto w wieku ośmiu lat. Został pełnoprawnym ninja w wieku lat dwunasu, a kiedy miał osiemnaście lat stał się mistrzem w swej profesji. Jego ojciec służył panu Matsudaira Kiyoyasu, władcy Mikawa i dziadowi późniejszego shoguna Tokugawa. Ponieważ Hanzo urodził się i wzrastał w prowincji Mikawa, często wracał tam, do siedziby swojej rodziny.

Prowincje Iga i Koga były macierzą ninjutsu; znajdowały się tam liczne organizacje (około 70) wspierające tą sztukę. W okolicznych górach znajdowały się instytucje nauczające taktyki wojennej. Wioska Yagyu niedaleko granicy Kioto i Nara, była miejscem znanym z szacownego stylu szermierki. Świątynia Hazo-in w Nara wspierała unikatową szkołę posługiwania się włócznią. Wszystkie sztuki niezbędne do nauki ninjutsu znajdowały się w promieniu 45 mil od Iga.

Region Iga-Koga to mały łańcuch górski znajdujący się w centrum okręgu Kinki. Region ten absorbował kulturę trzech miast ,w pobliżu których się znajdował: Kioto, Nagoya i Osaka. Iga i Koga nie zostały zdobyte przez jakiegokolwiek władcę spoza tych regionów. Góry skutecznie blokowały wszelkie ataki z zewnątrz. Ponadto mieszkańcy tego miejsca nigy nie starali się podbić ościennych regionów. Ale to miejsce wcale nie było pozbawione przemocy. Każda wioska posiadała zamek, za murami którego stacjonowały wojska i snuto intrygi.

Wojownicy specjalizujący się w niszczeniu, politycznych przewrotach i rozwoju intelektualnym zamieszkiwali tę lokalizacje. Tanba Momochi oraz Nagato Fujibayashi to przywódcy wrogich organizacji ninjutsu. Obie specjalizowały się w niekonwencjonalnych technikach działań wojennych. Ich szkoły poprawiały techniki innych słynnych szkół sztuk walki.

Według legendy, Hattori Hanzo to ninja posiadający nadludzkie umiejetności. Powiada się, że mógł usiąść za wachalrzem lub łukiem i zniknąć bez śladu, by pojawić się w pokoju obok. Był także mistrzem w sztuce posługiwania się liną w celu złapania człowieka, kory skradał się za nim. Stał się sławny jako wojownik "z innego świata" zdolny do psychokinezy. Mógł dostrzec jak jasnowidz plany i liczbę wojsk nieprzyjacielskiej armii.

Dobrze znana jest opowieśc o Hattori Hanzo i Tokugawie Ieyasu (późniejszym shogunie). Generał był zwolennikiem sztuk walki, dobrze strzelał z broni palnej, walczył mieczem, i świetnie pływał. Pewnego razu, gdy miał 25 lub 26 lat, złapał Hattori Hanzo za kark, wrzucił do rzeki i zaciągnął pod wodę. Hanzo spokojnie powstrzymywał oddech pod wodą, a Ieyasu był zmuszony wypłynąć na powierzchnię, żeby zaczerpnąć powietrza. "Jak długo może ninja pozostać pod wodą?" - zapytał. "Jeden lub dwa dni, Panie. Lub tak długo jak sobie zarzyczysz" - odpowiedział Hanzo i zanurkował ponoiwnie. Po kilku godzinach Ieyasu zaczął się o niego niepokoić. On i jego służacy zaczeli wołać Hanzo. Wtedy Hanzo wypłynął z bąbelkami powietrza. Uśmiechał się i nie brakowało mu powietrza. Podał coś Ieyasu, a ten omało nie popłakał się z zaskoczenia. Tym przedmiotem był krótki miecz należący do Ieyasu, który odłożył przed wejściem do wody.

Hattori Hanzo wyjaśnił: "Nie byłem cały czas pod wodą. Po zanurkowaniu podpłynąłem do brzegu, ukryłem się za skałą i czekałem. Kiedy usłyszałem, że mnie wołają znów zanurkowałem i wypłynąłem na powierzchnię. Przepraszam Panie, że zabrałem Twój krótki miecz, ale to jest ninjutsu". Ieyasu był pod wrażeniem.

W następnych latach Ieyasu Tokugawa utrzworzył centralny rząd, który przetrwał blisko 300 lat (piętnaście pokoleń rodziny). Opowieśc o znajomości Ieyasu i ninja z Iga jest dobrze znana w Japonii. Kiedy w 1590 Ieyasu wjeżdżał do Edo, toważyszyło mu około 300 zasłużonych już ninja. Dostali oni rezydencje na zewnątrz zachoniej bramy zamku Edo, zwanej brama Hanzo Mon.

Wewnątrz zamkowych umocnień znajdowały się świątynie i rezydencje kluczowych wasali, zaprojektowane tak, aby powstrzymać ewentualny atak na zamek. Ulokowanie ninja przy zachodniej Bramie było przebiegłe, ponieważ były to tyły zamku i tam mógł nastąpić niespodziewany atak. Ninja byli najlepiej wyszkoleni by odeprzeć tego rodzaju napaść.

Grupa ninja z Koga, która walczyła po stronie Ieyasu w bitwie Sekigahara, była skierowana do ochrony frontalnej części zamku. W czasie pokoju patrolowali okolice murów, a podczas wojny szpiegowali nieprzyjaciela. Syna Hanzo nie był mistrzem ninjutsu i znęcał się nad Grupą z Iga. Ninja nie uważali go za zasługującego nosić nazwisko Hanzo i zbuntowali się. Uzbrojeni w broń palną i łuki zażądali odejścia następcy słynnego ninja. Jeśli ich żądanie nie zostanie spełnione zabiją Masanari i popełnią samobójstwo. Ich liczba była na tyle duża, że historycy zastanawiają się czy to wydażenie nie było pierwszym buntem za rządów Tokugawa. Był rok 1605. Grupa z Iga podzieliła się na cztery frakcje. Kazda z nich dowodzona była przez samuraja o niskim statusie. Nie mogli się już szczycić dowództwem Hanzo Hattori.

Bitwa Zimowa i Bitwa Wiosenna miały miejsce w Osaka w 1614-1615 roku. W tych bitwach Tokugawa pokonał Toyotomi. W tych bitwach największą rolę odegrali ninja. Ich rola polegała m. in. na wysyłaniu listów przy pomocy strzał. Kiedy Sanada Yukimura, dzielny generał Toyotomi i doskonały strateg był zajęty w rogu zamku Osaka snując plany, Ieyasu posłał mu strzała list oferujący 100 000 koku ryżu łapówki. Ieyasu miał także swoich ninja w zamku przebranych za roninów i szpiegujących przeciwnika. Udało się też zneutralizować podwójnych agentów - ninja Toyotomi. Czasami też pozwalał na ucieczkę więźniów, aby ci przekazywali fałszywe plany.

Ponieważ ninja zwykle przemieszczali się w mroku, ich prawdziwa rola w Bitwie Zimowej i Bitwie Wiosennej nigdy nie będzie znana. Hanzo spoczywa w grobie na cmentarzu świątyni Sainen-ji, w tokijskiej dzielnicy Shinjuku. świątynia ta przechowuje także jego ulubione włócznie. Brama Hanzo jest teraz jednym z wejść do Pałacu Cesarskiego, a nitka metra Hanzo Mon łączy centralną część Tokio z południowo-zachodnimi obrzeżami miasta.